ด้วยผลการดำเนินงานที่ขาดทุนจากบ้านเอื้ออาทรติดต่อกันมา 2 ปี ตั้งแต่ปี 2550 ที่ขาดทุน 1,289 ล้านบาท ปี 2551 ขาดทุนอีก 991 ล้านบาท และในปีนี้การเคหะฯ มีสิทธิที่จะขาดทุนอีก 1,000-2,000 ล้านบาท ถ้าผลดำเนินงานยังขาดทุนเป็นปีที่ 3 ติดต่อกัน กระทรวงการคลังจะไม่ค้ำประกันหนี้ให้ และด้วยภาระหนี้ที่มีอยู่ 8 หมื่นล้านบาท จะทำให้การเคหะฯ ล้มละลายทันที

ความพยายามของการเคหะฯ ที่ทำมาตั้งแต่ต้น คือ เสนอแผนฟื้นฟูตัวเอง ด้วยการของบอุดหนุนจากรัฐอีก 6,000 ล้านบาท เพื่อชดเชยดอกเบี้ยจ่าย จากการดำเนินงานที่ล่าช้า ที่ทำให้บ้านเอื้ออาทรแต่ละหน่วยมีภาระจากดอกเบี้ย 1,500 บาทต่อเดือนต่อหลัง รวมถึงการขอให้ครม. ผ่อนคลายเงื่อนไข เปิดช่องให้การเคหะฯ ระบายสต๊อกบ้านเอื้ออาทรได้ง่ายขึ้น เช่น การขอขายยกโครงการ การปรับขึ้นราคาในบางทำเล เป็นต้น

แต่สุดท้าย อภิสิทธิ์ เวชชาชีวะ นายกรัฐมนตรี ก็ทำลายความหวังของการเคหะฯ โดยการส่งแผนฟื้นฟูกลับมาให้การเคหะฯ ทบทวนใหม่ และอนุมัติให้เฉพาะการปรับลดจำนวนจาก 3 แสนหน่วย เหลือ 2.8 แสนหน่วย และยังตั้งคณะกรรมการเฉพาะกิจเพื่อพิจารณาดำเนินการแก้ไขปัญหาโครงการบ้านเอื้ออาทร โดยมี ชวรัตน์ ชาญวีรกูล รมว.มหาดไทย เป็นประธาน โดยกำหนดเวลาไม่เกิน 2 เดือน ค่อยเสนอกลับเข้ามาใหม่

ปัญหาที่ตามติดมาคือ ความไม่แน่นอนว่าแผนที่จะเสนอไปใหม่นั้นจะได้รับการเห็นชอบจากครม. หรือไม่ เพราะอย่าลืมว่าบ้านเอื้ออาทรเป็นของ พรรคไทยรักไทยเดิม แต่รัฐบาลชุดนี้นำโดยพรรคประชาธิปัตย์ ยิ่งสถานภาพทางการเงินของรัฐบาลอยู่ในภาวะถังแตก เงิน 6,000 ล้านบาท รัฐบาลคง ไม่อยากจ่ายถ้าไม่จำเป็น